โรงเรียน…ห้วยหินพิทยาคม….แบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น ………๘…… ฝ่ายงาน ได้แก่ ฝ่ายวิชาการ ฝ่ายการเงินและพัสดุ ฝ่ายบริหารงานบุคคล ฝ่ายชุมชนและภาคีเครือข่าย ฝ่ายกิจการนักเรียน ฝ่ายธุรการ ฝ่ายบริการอาคารสถานที่และสภาพแวดล้อม ฝ่ายแผนงานและประกันคุณภาพ ผู้บริหารยึดหลักการบริหาร/เทคนิคการบริหารแบบใช้โรงเรียนเป็นฐาน (SBM.) และมีการวางแผนติดตามพัฒนางานตามกระบวนการ P D C A ตามแผนภูมิโครงสร้างการบริหาร